Nakum se divide en dos sectores principales denominados norte y sur. El Sector Norte se compone de una extensa plaza (Plaza Norte), que limita por su lado occidental y oriental con unas plataformas, en las que se alzarían construcciones de escaso tamaño, realizadas con materiales perecederos así como un templo–pirámide de gran altura (Edificio X). Del lado septentrional de la plaza se encuentra una amplia plataforma, en la que se erigió una construcción palaciega y tres plataformas menores (el llamado Grupo Norte). La parte sureste de la Plaza Norte limita con un conjunto de catorce construcciones (denominado el Grupo Este o Grupo de Merwin), edificadas sobre una gran plataforma. Lo más probable es que se tratase de edificaciones residenciales. Los sectores Norte y Sur se comunican mediante una calzada elevada de aprox. 250 m de largo, (Calzada de Perigny). Asociado a su extremo suroeste se encuentra una cancha de juego de pelota.
El Sector Sur se compone de dos plazas amplias denominadas Central y Este, un área de menor tamaño, denominado Plaza Sureste y un conjunto de gran tamaño, la Acrópolis. Las Plazas Central y Este están delimitadas por grandes construcciones piramidales (Edificios A, B, C y V) mientras que la Plaza Sureste es dominada por el Edificio U que es la construcción piramidal más alta de Nakum (tiene más que 30 m de altura). De gran importancia es el complejo denominado la Acrópolis que está conformado por gran cantidad de edificios agrupados alrededor de 12 patios (la mayoría de ellos son palacios), erigidos sobre una inmensa plataforma cuadrangular. En la parte centro sur del basamento de la Acrópolis se encuentra otra edificación de gran altura, denominada Acrópolis Interior o Central; en la última fase de su construcción se hallaban sobre ella cinco edificios. En el periodo Clásico Terminal (IX-X s. d.C.) la Acrópolis Interior probablemente fue el lugar de residencia del soberano y su familia.
El sitio Nakum no sólo está formado por su centro monumental sino que también abarca su extensa periferia, en la que están dispuestos numerosos conjuntos residenciales. Las exploraciones de la periferia realizadas por el Proyecto Triángulo entre los años 2001 y 2003 permitieron documentar 36 grupos residenciales, en los que vivían tanto los representantes de la clase media como los miembros de las clases más bajas de la comunidad local. Tal y como confirman los resultados de las investigaciones llevadas a cabo por el Proyecto Triángulo en la parte sur del sitio, el asentamiento inicial debe vincularse al periodo Preclásico Medio (800-300 a.C.), época de la que datan las construcciones más antiguas conocidas como las del área de la Acrópolis y del Grupo Merwin. En el periodo Preclásico Tardío (300 a.C.- 250 d.C.) se remodeló la mayoría de conjuntos arquitectónicos existentes, erigiéndose a la vez nuevas construcciones. Los investigadores asocian con el Clásico Temprano (250-600 d.C.) cuatro construcciones levantadas en estilo talud-tablero, característico de Teotihuacan en México Central. En el periodo Clásico Tardío (600-800 d.C.) se produce un gran desarrollo así como una ampliación del centro. No obstante, el mayor auge constructivo de Nakum tiene lugar en el periodo Clásico Terminal (IX-X s.), cuando la ciudad adquiere su forma arquitectónica final. No cabe duda de que entre los rasgos más significativos del sitio se encuentra la intensificación de la actividades constructiva y un importante crecimiento demográfico en el periodo Clásico Terminal (alrededor de 800-900/950 d.C.), momento en que la mayoría de los centros situados en las Tierras Bajas Mayas sufre un colapso. Se puede suponer que dichas circunstancias tienen que ver con la ubicación de Nakum en la parte media del río Holmul, debido a lo cual se trata de un lugar perfecto para convertirse en puerto fluvial, formando parte de una ruta comercial. Parece que fue precisamente dicha ubicación favorable la que permitió a las élites de Nakum mantenerse en el poder y controlar el comercio a lo largo de aproximadamente 100 años tras el colapso de la mayoría de los centros urbanos importantes como Tikal o Naranjo.