Sektor Południowy składa się z dwóch szerokich placów (nazwanych Placem Centralnym i Placem Wschodnim), a także z mniejszego dziedzińca zwanego Placem Południowo-wschodnim oraz z wielkiego kompleksu Akropolu. Plac Centralny ograniczony jest od południa Budowlą D – długą na ponad 100 m strukturą o charakterze pałacowym z 38 komnatami, od zachodu Świątynią C (wysoka piramida), okrągłą Budowlą 12 i kolejnym boiskiem do gry w piłkę. Od północy Plac Centralny zamyka Świątynia B (piramida), a od wschodu Budowla A, znana także pod nazwą La Iglesia (z hiszp. „kościół”), ze względu na wysoki dach wieńczący świątynię oraz widoczne łukowate wejścia prowadzące do jednej z jej komnat. W rejonie Placu Wschodniego istnieje tylko jedna wielka konstrukcja: Budowla V, która jest dość niską piramidą zwieńczoną świątynią posiadającą ogromnych rozmiarów komnatę. Plac Południowo-wschodni z czterech stron otaczają potężne konstrukcje architektoniczne: po stronie zachodniej podstawa monumentalnego Akropolu, po wschodniej- ogromna Piramida U (najwyższa piramida w Nakum), po stronie północnej Budowle 34 i 35, a po południowej Budowla 33, za którą znajdują się dwa mniejsze kompleksy architektoniczne skupione wokół niewielkich placów nazywanych Patiem 13 i 14. Akropol tworzy system kompleksów pałacowych wzniesionych na ogromnej, kwadratowej platformie dookoła której mieści się 12 mniejszych patiów. Zabudowa architektoniczna Akropolu jest mocno skoncentrowana i zamknięta, tworząc tym samym odseparowaną, prywatną przestrzeń mieszkalną dla członków elity Nakum. Po środku platformy Akropolu znajduje się kolejna wysoka platforma nazywana Akropolem Centralnym lub Wewnętrznym, która w ostatniej fazie konstrukcyjnej posiadała na szczycie pięć budynków. Prawdopodobnie było to miejsce, gdzie zamieszkiwał władca wraz z rodziną w schyłkowym okresie klasycznym (IX-X w. n.e.).
Stanowisko Nakum tworzy nie tylko monumentalne centrum, ale również rozległe peryferia, z licznymi kompleksami mieszkalnymi. Badania peryferii, prowadzone w latach 2001 – 2003 w ramach Projektu Triángulo, pozwoliły na zadokumentowanie 36 grup mieszkalnych, zamieszkiwanych przez ludność reprezentującą zarówno klasę średnią jak też najniższych członków lokalnej społeczności. Wyniki badań prowadzonych w części południowej stanowiska dowodzą, że pierwsze osadnictwo w Nakum należy wiązać ze środkowym okresem preklasycznym (800 – 300 p.n.e.), kiedy zostały wzniesione najstarsze budowle, m.in. w rejonie Akropolu oraz Grupy Merwina. W późnym okresie preklasycznym (300 p.n.e. – 250 n.e.) nie tylko przebudowano większość istniejących założeń architektonicznych, ale także wzniesiono nowe konstrukcje. Z wczesnym okresem klasycznym (250 – 600 n.e.) badacze łączą cztery budowle wzniesione w stylu talud-tablero, który jest charakterystyczny dla położonego stanowiska Teotihuacan z Centralnego Meksyku. Wielki rozwój i rozbudowa ośrodka miały miejsce w późnym okresie klasycznym (600 – 800 n.e.), jednak apogeum rozkwitu przypada na schyłkowy okres klasyczny (IX – X w.) kiedy to Nakum uzyskało swój ostateczny kształt architektoniczny. W tym czasie obserwuje się wzrost aktywności budowlanej i znaczny przyrost demograficzny. Należy zaznaczyć, że jest to moment, kiedy w dochodzi do upadku większości ośrodków na Nizinach Majów. Można przypuszczać, że sytuacja ta wiąże się z położeniem Nakum w górnym biegu rzeki Holmul, co czyniło z miasta doskonałe miejsce dla powstania portu rzecznego. Wydaje się, że właśnie to dogodne położenie pozwoliło elitom Nakum utrzymywać władzę i kontrolować handel przez ok. 100 lat po upadku większości ważnych centrów osadniczych, takich jak Tikal czy Naranjo.